全新推出的靈魂融合系統可讓玩家進一步強化已達最高強化等級的裝備。玩家可在靈魂綁定率達到100%的裝備上使用兩個名為賢者之石：啟示的物品，以附加額外的靈魂綁定效果。為支援此系統，遊戲也新增了靈魂之書（綁定）的取得方式。
永恆之塔2的靈魂融合系統是核心裝備成長機制，可透過進階裝備自訂來提升角色戰力。此系統與靈魂綁定和同步功能密切相關，玩家可藉此最佳化並轉移屬性。
靈魂融合與綁定系統的主要特色
- 屬性最佳化（同步）：玩家可使用高階裝備（獨特或古代級）重新抽取主裝備上不理想的副屬性。作為材料的裝備會被消耗，有機會為主裝備帶來更理想的屬性組合。
- 靈魂刻印：使用賢者之石：啟示（刻印）等專用物品，可為裝備附加額外的靈魂刻印效果，成功率為100%。
- 屬性強化：提高物品的靈魂綁定率通常需要特定書籍，可提升裝備的基礎屬性，並幫助達到最高特性等級。
- 裝備轉移（繼承）：近期更新加入了轉移系統，可將強化等級和靈魂綁定狀態從舊裝備轉移至相同稀有度的新裝備。首次轉移通常保證成功，之後的嘗試則可能需要判定成功率。
系統影響與注意事項
- 成長策略：通常建議玩家不要分解金色或高稀有度物品，因為它們是靈魂融合與綁定流程所需的重要材料。
- 付費模式：社群玩家認為，此系統是遊戲「付費取勝」（P2W）機制的重要一環，因為要將這些屬性提升至極限，往往需要投入大量資源或稀有物品。
- 帳號協同：裝備通常會綁定至特定角色，但近期更新著重讓寵物和部分外觀等其他系統支援伺服器共享，減輕分身角色的養成負擔。
