新推出的灵魂融合系统可让玩家进一步强化已达到最高强化等级的装备。玩家可在灵魂绑定率达到100%的装备上使用两件名为贤者之石：启示的物品，以附加额外的灵魂绑定效果。为支持该系统，游戏还新增了灵魂书（绑定）的获取方式。
永恒之塔2的灵魂融合系统是核心装备成长机制，可通过高级装备自定义来提升角色战力。该系统与灵魂绑定和同步功能紧密相关，玩家可借此优化并转移属性。
灵魂融合与绑定系统的主要特点
- 属性优化（同步）：玩家可使用高阶装备（独特或古代级）重新抽取主装备上不理想的副属性。作为材料的装备会被消耗，有机会为主装备带来更理想的属性组合。
- 灵魂刻印：使用贤者之石：启示（刻印）等专用物品，可为装备附加额外的灵魂刻印效果，成功率为100%。
- 属性强化：提高物品的灵魂绑定率通常需要特定书籍，可提升装备的基础属性，并帮助达到最高特性等级。
- 装备转移（继承）：近期更新加入了转移系统，可将强化等级和灵魂绑定状态从旧装备转移到同稀有度的新装备上。首次转移通常保证成功，之后的尝试则可能需要判定成功率。
系统影响与注意事项
- 成长策略：通常建议玩家不要分解金色或高稀有度物品，因为它们是灵魂融合和绑定过程所需的重要材料。
- 付费模式：社区玩家认为，该系统是游戏“付费取胜”（P2W）机制的重要组成部分，因为要将这些属性提升至极限，往往需要投入大量资源或稀有物品。
- 账号协同：装备通常会绑定到特定角色，但近期更新着重让宠物和部分外观等其他系统支持服务器共享，减轻小号的养成负担。
